明朝：
明朝永樂三年，明成祖命鄭和首次出使西洋。途遇颶風，雷電交作，狂濤巨浪，驚心駭目。船隻危岌欲沈，忽有鳳儀神女，手提紅燈騰空飛旋，上下左右隱顯揮霍，剎那煙消霾霽，風息浪平，萬里碧 波，悠然順達，眾曰：「此乃天妃顯靈護佑」。永樂五年，鄭和回朝，奏稱海上多獲媽祖保佑化險為夷。明成祖加封「護國庇民妙靈招應夕仁普濟天妃」。

清朝：
清康熙二十二年， 福建水師提督施琅將軍征台時，因神靈顯應而得勝，表奏聖母神靈，並遣禮部郎中雅虎致祭並記功加封為天妃。

媽祖顯靈助福康安登陸、剿匪：鹿港敕建天后宮(新祖宮)福康安之碑記內容為：乾隆五十一年(西元一七八六年)林爽文事變，福康安奉命平亂，次年十月登陸鹿港，繼而軍需糧草均順利運達；當時嘉義一帶匪徒猖獗，突聞軍艦如期集結知有神助，官兵軍威大振所向披靡，不久即擒匪毀巢收復全臺。此乃天后神威顯著護國庇民之功，於是在鹿港建廟奉祀。

《臺灣省通志》引據日臺灣總督府社寺臺帳，鹿港舊媽祖宮之靈驗謂：「福康安率大軍從鹿港上陸，至港口突然起大風，波浪高而舟將傾覆；將軍譁然作色，於是虔禱聖母，果得庇佑風歇而登陸」。

媽祖顯聖逼退戴潮春：同治年間戴潮春之亂，攻陷彰化城，次月打到鹿港，鹿港原為商港並無城廓守軍，民眾聞賊兵到達均惶恐不知所措。然而第二天賊兵不戰而退，有人問其退兵理由，賊將謂見有身著白袍騎白馬之軍隊，由一女將率領直殺而來，賊兵以為官兵來援，因此將軍隊撤回，事後乃知聖母顯靈，從此不再侵擾鹿港。

廈門平瘟疫：光緒七年（西元一八八一年），此次赴廈由誰率領不得而知。但該年廈門啟建大醮，慘遭瘟疫之災，適鹿港天后宮謁祖回鑾，途經泉州城天妃宮駐駕；廈門蘇府王爺降乩表示恭請聖母赴廈，聖母大顯神靈而廈門瘟疫始告平息，故泉廈一帶民眾莫不敬仰天后宮之聖母，故商民漁民每到台灣，不論遠近均親到鹿港天后宮參拜。

瓶中水不竭：戴潮春創立小刀會，入會者有四百餘人，皆歃血為盟禁洩秘密，當時有鹿港人入會者，深感悔悟意圖退出，卻因曾經參與盟誓，恐遭天譴。此時媽祖為消除其罪業，乃在廟埕備水瓶，瓶中盛清水並燒神符投入其中，謂凡與賊盟誓者掬水漱口可消其罪業，因此遠近鄉鎮爭相前來漱口消罪，而瓶中之水不曾枯竭。

民國：
民國13年（西元1924年）：
6月12日天氣晴朗，漁民出海作業，當時有數十名小孩在海灘遊戲，忽一青面一紅目巨人出現，意欲捉小孩，群孩大驚一哄而散，傾刻天氣大變風雨交加，海水倒灌海上舟隻無法作業，入夜竟迷失方向危危欲翻，此時眾見一道紅光遂，隨紅光所指方向直駛，俟至紅光消失船已入港，始知媽祖火救了大家。
隔日各家族到天后宮參拜，群孩皆指千里眼、順風耳尊神是昨天追他們的巨人，方知是媽祖之神護。
現在本宮拜亭（三川）石柱有對聯以紀念之。

其聯文：

暮夜現光明頃刻港門開覐路
迷途資引導兒童海國慶安瀾

民國49年：
彰化地區苦旱不雨，農田無法灌溉，尤以鹿港一帶插秧者僅達三分一之左右。為此該地方的民眾及士紳約五百人，在三月十九日下二時，在國大代表呂世明、省議會副議長謝東閔、縣議員黃澄清、李丕顯的領導下，在鹿港天后宮舉行祈雨。是日天氣晴朗，火傘高張，儀式歷時一個小時，其祈求降雨詩曰： 青天炎炎降蒞塵，憐憫悲聲救萬民，哀求上蒼赦罪衍（愆），祈雨顯化濟群因。 儀式結束後不久，天氣轉陰，繼而天空滿佈烏雨，大地昏黑，春雷一聲終於響起。翌日凌晨二時開始下小雨，不久便普降甘霖，旱象解除，使等待插秧的農民欣喜若狂，咸認為此時降雨對春耕有莫大裨益。為此善男信女，為感謝天后恩澤，一時往鹿港天后宮進香的有萬餘人。

民國52年：
五月十日，鹿港鎮海埔國民學校教職員工帶眷組團往橫貫公路遊覽，因逢雨後路滑，不慎翻車，車上乘客個個驚嚇過度，神沮氣喪。幸得車子滑落時，為崖壁中間之兩棵樹木擋住，形成兩木擋車之奇異景象，而免於翻落數十丈之深淵而造成傷亡。兩木為「林」，即是聖母之姓，在臨危之際，似得神靈相助，隨後查知車中佩戴鹿港天后宮護身香火者多人，顯係得媽祖之庇佑，而安然逃過此一劫。車回鹿港，直駛鹿港天后宮，到聖母座前跪拜答謝。

民國61年：
四月，讀私立精誠中學高一的林慈陽（鹿港人）與同學十人結伴前往天后宮膜拜媽祖，之後往海邊玩耍，由於疏忽，離海岸愈來愈遠，等到下午二時海水高漲，方知大難臨頭。迨要逃走，但因距海岸五、六浬，已無法上岸、林慈陽為了同伴的安全，先行指揮同伴趕往高處走，而後自身游水，擬向最近的蚵田漁民求救。然而體力畢竟有限，當正載浮載沈時，正好蚵田有一根豎立的木柱，他乃游近木柱。他曾見歸帆的漁夫，但招手呼救無效。面臨如此危急，他乃口唸媽祖保佑，林慈陽的同學在他游水離開不久後，為蚵田漁民發現救回，當林慈陽之父林大宜得知兒子尚在海上的消息後，十分焦急，請漁民陳可天划筏往大海尋覓，費了二個小時，始見遠處有一黑點，再定睛一看，見林慈陽向其招手，仍將之救回。

宋朝：
宋宣和四年（一說宣和五年）宋徽宗派路允迪率船隊出使高麗，航行至東海遇到颶風，八艘船不幸沈沒，唯獨路允迪所乘船隻，船上桅頂出現紅光，彷彿有一朱衣女端坐其上，風浪頓息，轉危為安，路感神奇，詢問部屬是何神相救。船上有位莆田人，向路允迪報告是湄洲神女搭助。路還朝復命啟奏，徽宗皇帝遂下詔賜封「順濟」廟額，懸於湄州通賢靈女廟。這是媽祖第一次受到官方祭祀。

元朝：
元朝建都于北京，是當時經濟文化中心，而糧食生活用必須仰靠南方供應，均利用運河漕運，沿途多處急濤險流，媽祖屢次庇護漕運，維持元朝京都物質供應的生命線，所以上自皇帝，下至官兵及船工，把船隻航行安全，寄託于媽祖的庇佑，元世祖至元十八年詔命正奉大夫到湄洲宣佈冊封為「護國明著天妃」載入國祀點，每年依制致祭。

媽祖婆的庇佑讓善男信女能夠安頓身心，在四、五十年前，醫療不發達的年代，天后宮裡也有藥籤之設置，以現代眼光來看，或許這並不是科學的方法，但在當時因信仰而起的安撫作用，也大大的慰藉人心。