凌霄寶殿為五開間的格局，外面露台為八角型。凌霄寶殿主祀玉皇大帝及三官大帝，兩旁配祀有觀音菩薩、五榖大帝、女媧娘娘及水僊尊王。玉皇大帝並未雕塑神像，而是以一塊「聖旨牌」上書「玉皇大帝」，以示對民間信仰中掌管神界者的尊崇。玉帝駕前有二位護法，分別為民間信仰中的玄天上帝與道教始祖張天師，造型一黑一白，一威一慈相互襯映，令人心生肅穆。神龕前方另供奉三官大帝，分別為天官、地官、水官。「天官賜福、地官赦罪、水官解厄」，鹿港於農曆正月初九有拜天公的傳統習俗，為過年時最莊嚴神聖的祭典，家家戶戶除在家中拜天公外，初九當天仍會攜家帶眷來到天后宮拜拜，為鹿港年節時的一大節慶。
供奉斗姥元君及南北斗星君，掌管天地萬物之生死，祈求斗姥元君的慈悲解厄賜福，同時保佑事業駿發、財源廣進之神祇。傳統道教相信世間的一切生命，均例屬斗宮，星辰運轉，年歲行運，皆屬星宿所主宰，「禮斗」即為天人常用的交流感應方式，為道教獨有的法會科儀，傳說中孔明借東風，陳靖姑祈雨都是經由「禮斗」而奏效的。
供奉文昌帝君及五文昌圖，文昌帝君是掌管功名之神，主管文運，主宰士子的功名利祿。祭拜文昌帝君旨在於祈求文昌帝君的加持庇佑，期許個人在求學路上或求職路上能智慧大開、步步高昇。
供奉太歲星君，俗稱太歲或歲君，為人類之本命歲神，主掌人間的吉凶禍福，古代陰陽學家以天干地支配合六十年為一甲子，每年各有歲神輪值，當值之歲神，即稱 「值年太歲 」。俗諺云：太歲當頭坐，無喜必有禍。太歲出現來，無病恐破財。因此本命生肖與值年太歲相沖，或相隔六年（叫對沖或偏沖），為了要趨吉避凶必須「安太歲」，以祈求來年平安，諸事順遂。
天后宮後殿前的天龍池為民國五十四年興建，天龍池的造型雖不精緻，但天龍池四周卻有鹿港當代文人郭新林、朱啟南、施讓甫、王重五及陳浚源的字畫、題字及詩作，天龍池三個字即是由陳浚源(百川)所題，浚源先生臨池六十載，以楷隸著稱，與鹿港諸多書法家前輩皆承襲自呂西村一脈的漢隸風格，行筆肆放，氣勢磅薄。在鹿港最具代表性的大吟詩社，為台柱健將的朱啟南，執教於私墊四十載，精醫理、拳術，書法與蘭竹梅石亦臻上乘，天龍池畔亦有他的題字與詩作，都是珍貴的地方文化資產。
月下老人，簡稱月老，是專司姻緣的神祇，台灣諺語云：姻緣天註定，就是指月下老人的姻緣一線牽。月下老人典故出自於唐代，據李復言著「續幽怪錄．定婚店」載，千餘年來，未婚男女或男女朋友求姻緣、已婚夫妻求情感長久彌堅、感情不順遂者求正緣，咸祈求月老牽線，姻緣美滿。
鎮殿媽
正殿神龕內，最大尊的媽祖聖像，為天后宮的「鎮殿媽祖」。
鎮殿二媽
正殿神龕內第二尊媽祖，此尊媽祖為軟身的造型，同治年間請泉州「西來園」雕刻師傅連來雕塑。
湄洲開基二媽
乃是康熙二十二年恭請而來，湄洲媽祖因香火鼎盛，使媽祖聖像薰染成黑色，故稱「黑面媽」或「香煙媽」。
進香媽
由「西來園」連來之子連詠川，仿湄洲開基二媽的聖像重塑一尊，故稱為「進香媽」。
鹿港天后宮香火鼎盛，全台分靈寺廟數千家，被信眾迎請至家中奉祀的媽祖更是超過萬座，因此一年到頭都會有媽祖回娘家，除了寺廟進香團敲鑼打鼓，帶著陣頭與神明來進香或會香的活動之外，私人壇或是供奉媽祖的信眾，也會相偕親友一起回天后宮祖廟進香，俗稱之「媽祖回娘家」。一般媽祖回娘家會香，吸收祖廟的靈氣，信眾上香祭拜媽祖之後，並完成會香儀式。有的則會為媽祖換上新鳳袍，象徵一年新的開始。
做客媽祖
寺廟若有入火安座、建醮、祈福、遶境等活動，會恭請聖母前往做客祈福保平安，而一般家中拜天公及有喜慶時也會恭請媽祖前往做客，宴請媽祖且和媽祖分享喜悅。
境主公，為廟境的地神，性質和土地公、地基主相似。每座廟有其一定的統轄區，境主公就是管轄這個區域的主宰，因此境主公為區域神。但有人認為境主公是守護寺廟，而為寺廟的地基主。有人歸類為地方神，祂職司「司法」為「司法神」。
中國自古代以來就有祭祀土神的風俗，比地神的區域小的就是城池的神，也就是說城隍。自城隍以下就地域的大小，其名稱也各異，即省稱『都城隍』，府稱『府城隍』，縣稱『縣城隍』，無城池的市街、鄉鎮稱『境主尊王』，俗稱『境主公』；縣以下的里神別稱『土地公』；宅第四周稱『地基主』。總之，等稱雖異，然職司則一，都是轄管境內的護土之神。
康熙年間台灣中部移民日益增多，對於保佑航海平安的媽祖信仰益加虔誠，鹿港舊有的媽祖廟便顯得太過於狹小，雍正三年（一七二五）由施世榜獻地，遷建媽祖廟於現址，鹿港舊祖宮始具規模，地方人士為感念施世榜對舊祖宮的善舉，廟方於天后宮右廂廊內供奉施世榜的長生祿位，其上書：「大檀越主恩進士勅授文林郎兵馬司副指揮壽寧縣儒學教諭施諱世榜祿位」。神龕上方則書「施耀德堂」，其旁另有供奉：「大總理六品軍功官章萬春王公長生祿位」及「本宮歷代諸僧師蓮座」（長性師、妙來師、妙江師、普琴師、淨芳師）。每年農曆十月二十五日為施世榜的冥誕祭日，旅居台灣各地施世榜的後裔均至鹿港天后宮來祭祀祖先。
註生娘娘俗稱「註生媽」，在中國有些地區稱「送子娘娘」，是閩南、台灣一帶最受尊奉的生育之神，主管婦女的懷孕、生產，是許多不孕婦女或懷孕婦女的信仰寄託。
過去女人結婚、生子育女，以傳宗接代成為重要的職責，多子多孫被認為是人丁旺盛，家道興隆的幸福之兆。所以，婦女對於自己之產育，莫不寄以極大的關懷，未生育者期盼早生貴子；有子者祈望保護他無恙；有病時，希望他早日康復，這種關懷與寄望，產生了一種超乎人力的神，來保佑協助婦女的產育之事。
丹墀(ㄔˊ)，或稱露台、月台。屋宇前面沒有屋簷覆蓋的平臺，因古時多塗成紅色，故稱為「丹墀」。常用在宮殿或廟宇正殿等具儀典性的建築物前。《李乾朗．台灣古建築圖解事典》：月台，又稱「丹墀」，意指『暴露在室外的平台，夜裡亦可接受月光之照射，故稱為月台，其位置猶如人之丹田，亦雅稱為丹墀。』
鹿港天后宮丹墀位於鹿港天后宮三川殿與正殿之間一個下凹的平臺，平時供信眾祭祀參拜之用，亦有通風、採光、敞開、緩衝空間的功能。
三川殿的木雕多以封神榜、隋唐演義及三國演義為故事題材，少部份的木雕為原舊廟宇所留下的作品，由以李煥美為首的鹿港匠師施做，當時的匠師有李松林、施金福、施禮、吳福林、李世牆、李德冰等匠師參與。
石雕雕工精湛，石材以泉州石及青斗石為主，被學者喻為是台灣廟宇石雕的精典，為蔣馨家族石匠蔣文華、蔣梅水的作品。
彩繪為郭新林及柯煥章二位大師技藝登峰造極的畫作。
八卦藻井
昔時華麗的藻井被當作是皇帝尊貴的一種象徵，是建築物中最尊貴的做法，其功能為隔斷過高的空間，以保持室溫及避免灰塵下落，且能塑造室內富麗堂皇的效果。
鹿港天后宮前廣場原為紅磚地坪，後因重修時改為石板地，為迎接全省各地媽祖廟至鹿港天后宮進香及可供各進香團之陣頭演出。
