明朝：
明朝永樂三年，明成祖命鄭和首次出使西洋。途遇颶風，雷電交作，狂濤巨浪，驚心駭目。船隻危岌欲沈，忽有鳳儀神女，手提紅燈騰空飛旋，上下左右隱顯揮霍，剎那煙消霾霽，風息浪平，萬里碧 波，悠然順達，眾曰：「此乃天妃顯靈護佑」。永樂五年，鄭和回朝，奏稱海上多獲媽祖保佑化險為夷。明成祖加封「護國庇民妙靈招應夕仁普濟天妃」。

清朝：
清康熙二十二年， 福建水師提督施琅將軍征台時，因神靈顯應而得勝，表奏聖母神靈，並遣禮部郎中雅虎致祭並記功加封為天妃。

媽祖顯靈助福康安登陸、剿匪：鹿港敕建天后宮(新祖宮)福康安之碑記內容為：乾隆五十一年(西元一七八六年)林爽文事變，福康安奉命平亂，次年十月登陸鹿港，繼而軍需糧草均順利運達；當時嘉義一帶匪徒猖獗，突聞軍艦如期集結知有神助，官兵軍威大振所向披靡，不久即擒匪毀巢收復全臺。此乃天后神威顯著護國庇民之功，於是在鹿港建廟奉祀。
《臺灣省通志》引據日臺灣總督府社寺臺帳，鹿港舊媽祖宮之靈驗謂：「福康安率大軍從鹿港上陸，至港口突然起大風，波浪高而舟將傾覆；將軍譁然作色，於是虔禱聖母，果得庇佑風歇而登陸」。

媽祖顯聖逼退戴潮春：同治年間戴潮春之亂，攻陷彰化城，次月打到鹿港，鹿港原為商港並無城廓守軍，民眾聞賊兵到達均惶恐不知所措。然而第二天賊兵不戰而退，有人問其退兵理由，賊將謂見有身著白袍騎白馬之軍隊，由一女將率領直殺而來，賊兵以為官兵來援，因此將軍隊撤回，事後乃知聖母顯靈，從此不再侵擾鹿港。

廈門平瘟疫：光緒七年（西元一八八一年），此次赴廈由誰率領不得而知。但該年廈門啟建大醮，慘遭瘟疫之災，適鹿港天后宮謁祖回鑾，途經泉州城天妃宮駐駕；廈門蘇府王爺降乩表示恭請聖母赴廈，聖母大顯神靈而廈門瘟疫始告平息，故泉廈一帶民眾莫不敬仰天后宮之聖母，故商民漁民每到台灣，不論遠近均親到鹿港天后宮參拜。

瓶中水不竭：戴潮春創立小刀會，入會者有四百餘人，皆歃血為盟禁洩秘密，當時有鹿港人入會者，深感悔悟意圖退出，卻因曾經參與盟誓，恐遭天譴。此時媽祖為消除其罪業，乃在廟埕備水瓶，瓶中盛清水並燒神符投入其中，謂凡與賊盟誓者掬水漱口可消其罪業，因此遠近鄉鎮爭相前來漱口消罪，而瓶中之水不曾枯竭。